Conformational analysis

Конформационный анализ проводили в несколько этапов.

Первоначальные наборы конформеров получали методом молекулярной механики.
Использовали следующие генераторы конформеров:
ChemAxon Marvin (conformers plugin)
VeraChem Vconf
TINKER scan, see Automatization of Tinker for conformational search
confab
Полученные структуры оптимизировали с помощью полуэмпирической квантовой химии (гамильтонианы RM1 или PM6, программа MOPAC2009).
Затем проводилась оптимизация методом DFT (программа ПРИРОДА).
После каждого этапа с помощью программы conformers удаляли структуры, имеющие одинаковые или очень близкие геометрические параметры. В результате на каждом этапе число структур сокращалось (особенно сильно после полуэмпирики).

Полезное обсуждение в интернете: тут

© Если не указано особо, то представленные здесь результаты можно брать и свободно использовать или размещать на других сайтах (со ссылкой на этот сайт).

Если что, пишите.

Развитие этого сайта осуществлялось при финансовой поддержке РФФИ (грант 13-03-00427)