Conformational analysis of POXTRD

POXTRD is minimal model from the article
O. Gutten, D. Bím, J. Řezáč, L. Rulíšek, "Macrocycle Conformational Sampling by DFTD3/COSMO-RS Methodology", J. Chem. Inf. Model., 2018, 58 (1), pp 48–60

Conformers generator: scan from Tinker (MMFF94 force field).
1390 conformers were found in energy window 20 kcal/mol.

Geometry optimization by DFT/PBE/L1 (PRIRODA program, basis like cc-pCVTZ)
in gas phase without D3 and thermochemical corrections.

931 unique DFT-conformers remained after elimination of redundant structures by conformers script.

R-structures (blue) are conformers from SI of Gutten's article:
R1: zip://SI_data/protocols_3.2/structures/POXTRD_defMDLLMOD_postQMgp.xyz
R2: zip://SI_data/protocols_3.2/structures/POXTRD_PM6MD_postQMgp.xyz
R3: zip://SI_data/protocols_3.2/structures/POXTRD_PM6MDextras_postQMgp.xyz


On figure(s) below click on the level title to download xyz file ==>
Click on energy level to view 3D structure in browser (run JSmol) ==>

0.00 0.00 0.34 0.34 0.75 0.75 1.37 1.37 1.39 1.39 1.58 1.58 1.68 1.68 1.90 1.90 2.10 2.10 2.13 2.13 2.16 2.16 2.25 2.25 2.56 2.56 2.72 2.72 2.76 2.76 2.77 2.77 2.81 2.81 2.82 2.82 3.04 3.04 3.18 3.18 3.18 3.18 3.19 3.19 3.21 3.21 3.29 3.29 3.34 3.34 3.41 3.41 3.55 3.55 3.69 3.69 3.80 3.80 3.80 3.80 3.81 3.81 3.84 3.84 3.84 3.84 3.96 3.96 4.03 4.03 4.10 4.10 4.11 4.11 4.13 4.13 4.42 4.42 4.56 4.56 4.57 4.57 4.58 4.58 4.67 4.67 4.96 4.96 5.00 5.00 5.03 5.03 5.07 5.07 5.26 5.26 5.30 5.30 5.36 5.36 5.43 5.43 5.68 5.68 5.73 5.73 5.78 5.78 5.87 5.87 5.91 5.91 5.93 5.93 5.93 5.93 5.94 5.94 5.96 5.96 5.97 5.97 6.01 6.01 6.03 6.03 6.06 6.06 6.07 6.07 6.13 6.13 6.15 6.15 6.20 6.20 6.23 6.23 6.24 6.24 6.33 6.33 6.36 6.36 6.36 6.36 6.40 6.40 6.44 6.44 6.46 6.46 6.49 6.49 6.52 6.52 6.52 6.52 6.53 6.53 6.60 6.60 6.61 6.61 6.63 6.63 6.65 6.65 6.69 6.69 6.86 6.86 6.89 6.89 6.90 6.90 6.92 6.92 6.94 6.94 6.95 6.95 6.95 6.95 6.96 6.96 6.96 6.96 6.96 6.96 6.96 6.96 6.97 6.97 7.00 7.00 7.02 7.02 7.11 7.11 7.11 7.11 7.33 7.33 7.34 7.34 7.49 7.49 7.53 7.53 7.54 7.54 7.60 7.60 7.60 7.60 7.63 7.63 7.65 7.65 7.65 7.65 7.80 7.80 7.81 7.81 7.81 7.81 7.83 7.83 7.84 7.84 7.86 7.86 7.88 7.88 7.88 7.88 7.91 7.91 7.95 7.95 7.96 7.96 8.07 8.07 8.18 8.18 8.18 8.18 8.25 8.25 8.25 8.25 8.29 8.29 8.31 8.31 8.33 8.33 8.42 8.42 8.44 8.44 8.46 8.46 8.49 8.49 8.54 8.54 8.60 8.60 8.60 8.60 8.62 8.62 8.63 8.63 8.65 8.65 8.73 8.73 8.74 8.74 8.74 8.74 8.74 8.74 8.75 8.75 8.75 8.75 8.77 8.77 8.77 8.77 8.78 8.78 8.80 8.80 8.81 8.81 8.82 8.82 8.83 8.83 8.84 8.84 8.86 8.86 8.86 8.86 8.87 8.87 8.89 8.89 8.91 8.91 8.94 8.94 8.95 8.95 8.96 8.96 8.97 8.97 8.99 8.99 9.03 9.03 9.04 9.04 9.06 9.06 9.11 9.11 9.13 9.13 9.14 9.14 9.14 9.14 9.15 9.15 9.15 9.15 9.21 9.21 9.23 9.23 9.24 9.24 9.26 9.26 9.27 9.27 9.28 9.28 9.29 9.29 9.29 9.29 9.30 9.30 9.32 9.32 9.32 9.32 9.36 9.36 9.37 9.37 9.39 9.39 9.40 9.40 9.40 9.40 9.41 9.41 9.41 9.41 9.44 9.44 9.48 9.48 9.48 9.48 9.50 9.50 9.52 9.52 9.53 9.53 9.53 9.53 9.54 9.54 9.55 9.55 9.55 9.55 9.55 9.55 9.57 9.57 9.61 9.61 9.61 9.61 9.64 9.64 9.64 9.64 9.65 9.65 9.65 9.65 9.66 9.66 9.67 9.67 9.67 9.67 9.70 9.70 9.70 9.70 9.72 9.72 9.74 9.74 9.74 9.74 9.74 9.74 9.75 9.75 9.76 9.76 9.80 9.80 9.81 9.81 9.81 9.81 9.83 9.83 9.83 9.83 9.84 9.84 9.86 9.86 9.87 9.87 9.87 9.87 9.89 9.89 9.90 9.90 9.90 9.90 9.91 9.91 9.93 9.93 9.94 9.94 9.94 9.94 9.97 9.97 9.97 9.97 9.97 9.97 9.99 9.99 10.01 10.01 10.01 10.01 10.02 10.02 10.03 10.03 10.04 10.04 10.05 10.05 10.06 10.06 10.07 10.07 10.10 10.10 10.11 10.11 10.11 10.11 10.12 10.12 10.13 10.13 10.13 10.13 10.14 10.14 10.16 10.16 10.17 10.17 10.17 10.17 10.20 10.20 10.21 10.21 10.21 10.21 10.21 10.21 10.22 10.22 10.23 10.23 10.23 10.23 10.23 10.23 10.26 10.26 10.26 10.26 10.27 10.27 10.28 10.28 10.28 10.28 10.30 10.30 10.33 10.33 10.34 10.34 10.34 10.34 10.35 10.35 10.36 10.36 10.37 10.37 10.37 10.37 10.39 10.39 10.40 10.40 10.41 10.41 10.41 10.41 10.42 10.42 10.44 10.44 10.44 10.44 10.44 10.44 10.45 10.45 10.46 10.46 10.47 10.47 10.48 10.48 10.48 10.48 10.49 10.49 10.54 10.54 10.54 10.54 10.58 10.58 10.59 10.59 10.59 10.59 10.63 10.63 10.63 10.63 10.64 10.64 10.65 10.65 10.69 10.69 10.70 10.70 10.70 10.70 10.71 10.71 10.71 10.71 10.72 10.72 10.74 10.74 10.74 10.74 10.75 10.75 10.75 10.75 10.75 10.75 10.77 10.77 10.78 10.78 10.80 10.80 10.80 10.80 10.82 10.82 10.83 10.83 10.85 10.85 10.85 10.85 10.85 10.85 10.87 10.87 10.87 10.87 10.89 10.89 10.91 10.91 10.92 10.92 10.96 10.96 10.97 10.97 10.97 10.97 10.98 10.98 10.98 10.98 10.99 10.99 10.99 10.99 11.00 11.00 11.01 11.01 11.01 11.01 11.04 11.04 11.06 11.06 11.06 11.06 11.08 11.08 11.08 11.08 11.08 11.08 11.08 11.08 11.08 11.08 11.10 11.10 11.10 11.10 11.14 11.14 11.14 11.14 11.15 11.15 11.15 11.15 11.16 11.16 11.16 11.16 11.20 11.20 11.20 11.20 11.24 11.24 11.26 11.26 11.27 11.27 11.28 11.28 11.28 11.28 11.29 11.29 11.29 11.29 11.33 11.33 11.33 11.33 11.35 11.35 11.36 11.36 11.39 11.39 11.39 11.39 11.41 11.41 11.41 11.41 11.43 11.43 11.43 11.43 11.44 11.44 11.44 11.44 11.44 11.44 11.46 11.46 11.48 11.48 11.48 11.48 11.49 11.49 11.49 11.49 11.49 11.49 11.50 11.50 11.50 11.50 11.50 11.50 11.51 11.51 11.51 11.51 11.51 11.51 11.51 11.51 11.53 11.53 11.54 11.54 11.56 11.56 11.56 11.56 11.59 11.59 11.59 11.59 11.62 11.62 11.63 11.63 11.63 11.63 11.64 11.64 11.64 11.64 11.64 11.64 11.66 11.66 11.66 11.66 11.67 11.67 11.67 11.67 11.67 11.67 11.69 11.69 11.69 11.69 11.69 11.69 11.70 11.70 11.70 11.70 11.72 11.72 11.73 11.73 11.73 11.73 11.74 11.74 11.75 11.75 11.75 11.75 11.77 11.77 11.77 11.77 11.78 11.78 11.78 11.78 11.79 11.79 11.80 11.80 11.80 11.80 11.80 11.80 11.81 11.81 11.82 11.82 11.83 11.83 11.84 11.84 11.85 11.85 11.87 11.87 11.87 11.87 11.88 11.88 11.88 11.88 11.89 11.89 11.92 11.92 11.92 11.92 11.92 11.92 11.92 11.92 11.93 11.93 11.93 11.93 11.94 11.94 11.94 11.94 11.94 11.94 11.94 11.94 11.96 11.96 11.96 11.96 11.96 11.96 11.96 11.96 11.96 11.96 11.96 11.96 11.97 11.97 11.97 11.97 11.98 11.98 11.98 11.98 11.98 11.98 11.98 11.98 11.99 11.99 11.99 11.99 11.99 11.99 12.00 12.00 12.00 12.00 12.01 12.01 12.02 12.02 12.03 12.03 12.04 12.04 12.04 12.04 12.05 12.05 12.05 12.05 12.05 12.05 12.06 12.06 12.06 12.06 12.07 12.07 12.08 12.08 12.08 12.08 12.13 12.13 12.14 12.14 12.19 12.19 12.19 12.19 12.22 12.22 12.23 12.23 12.27 12.27 12.28 12.28 12.28 12.28 12.30 12.30 12.32 12.32 12.33 12.33 12.33 12.33 12.36 12.36 12.37 12.37 12.38 12.38 12.40 12.40 12.41 12.41 12.41 12.41 12.42 12.42 12.42 12.42 12.43 12.43 12.44 12.44 12.46 12.46 12.48 12.48 12.48 12.48 12.49 12.49 12.49 12.49 12.50 12.50 12.50 12.50 12.50 12.50 12.51 12.51 12.51 12.51 12.52 12.52 12.56 12.56 12.56 12.56 12.57 12.57 12.58 12.58 12.58 12.58 12.59 12.59 12.60 12.60 12.64 12.64 12.64 12.64 12.65 12.65 12.65 12.65 12.66 12.66 12.66 12.66 12.67 12.67 12.67 12.67 12.68 12.68 12.68 12.68 12.68 12.68 12.68 12.68 12.69 12.69 12.70 12.70 12.70 12.70 12.70 12.70 12.70 12.70 12.71 12.71 12.74 12.74 12.75 12.75 12.75 12.75 12.75 12.75 12.76 12.76 12.77 12.77 12.79 12.79 12.79 12.79 12.80 12.80 12.80 12.80 12.81 12.81 12.82 12.82 12.83 12.83 12.84 12.84 12.85 12.85 12.86 12.86 12.86 12.86 12.86 12.86 12.88 12.88 12.89 12.89 12.90 12.90 12.90 12.90 12.91 12.91 12.92 12.92 12.92 12.92 12.92 12.92 12.93 12.93 12.94 12.94 12.94 12.94 12.95 12.95 12.96 12.96 12.97 12.97 12.98 12.98 12.98 12.98 13.00 13.00 13.00 13.00 13.00 13.00 13.01 13.01 13.01 13.01 13.02 13.02 13.02 13.02 13.05 13.05 13.05 13.05 13.06 13.06 13.06 13.06 13.07 13.07 13.08 13.08 13.10 13.10 13.10 13.10 13.11 13.11 13.11 13.11 13.11 13.11 13.12 13.12 13.12 13.12 13.14 13.14 13.15 13.15 13.17 13.17 13.17 13.17 13.17 13.17 13.19 13.19 13.20 13.20 13.20 13.20 13.22 13.22 13.22 13.22 13.24 13.24 13.24 13.24 13.24 13.24 13.25 13.25 13.27 13.27 13.28 13.28 13.28 13.28 13.28 13.28 13.28 13.28 13.29 13.29 13.29 13.29 13.31 13.31 13.35 13.35 13.35 13.35 13.37 13.37 13.38 13.38 13.40 13.40 13.42 13.42 13.44 13.44 13.46 13.46 13.46 13.46 13.48 13.48 13.48 13.48 13.50 13.50 13.51 13.51 13.52 13.52 13.52 13.52 13.53 13.53 13.54 13.54 13.55 13.55 13.55 13.55 13.55 13.55 13.55 13.55 13.56 13.56 13.56 13.56 13.57 13.57 13.57 13.57 13.58 13.58 13.58 13.58 13.58 13.58 13.59 13.59 13.60 13.60 13.61 13.61 13.61 13.61 13.62 13.62 13.64 13.64 13.64 13.64 13.65 13.65 13.65 13.65 13.65 13.65 13.67 13.67 13.68 13.68 13.68 13.68 13.68 13.68 13.69 13.69 13.69 13.69 13.70 13.70 13.70 13.70 13.71 13.71 13.72 13.72 13.73 13.73 13.73 13.73 13.76 13.76 13.76 13.76 13.77 13.77 13.78 13.78 13.78 13.78 13.78 13.78 13.78 13.78 13.79 13.79 13.81 13.81 13.82 13.82 13.85 13.85 13.85 13.85 13.86 13.86 13.86 13.86 13.86 13.86 13.87 13.87 13.89 13.89 13.90 13.90 13.91 13.91 13.91 13.91 13.91 13.91 13.92 13.92 13.96 13.96 13.98 13.98 13.99 13.99 14.00 14.00 14.02 14.02 14.03 14.03 14.04 14.04 14.06 14.06 14.07 14.07 14.08 14.08 14.08 14.08 14.09 14.09 14.10 14.10 14.11 14.11 14.11 14.11 14.12 14.12 14.12 14.12 14.13 14.13 14.15 14.15 14.15 14.15 14.16 14.16 14.18 14.18 14.19 14.19 14.19 14.19 14.21 14.21 14.22 14.22 14.22 14.22 14.23 14.23 14.24 14.24 14.24 14.24 14.26 14.26 14.27 14.27 14.27 14.27 14.32 14.32 14.32 14.32 14.34 14.34 14.35 14.35 14.35 14.35 14.36 14.36 14.36 14.36 14.37 14.37 14.42 14.42 14.43 14.43 14.46 14.46 14.46 14.46 14.46 14.46 14.47 14.47 14.47 14.47 14.48 14.48 14.49 14.49 14.51 14.51 14.51 14.51 14.52 14.52 14.53 14.53 14.53 14.53 14.53 14.53 14.54 14.54 14.55 14.55 14.57 14.57 14.57 14.57 14.58 14.58 14.58 14.58 14.58 14.58 14.59 14.59 14.60 14.60 14.63 14.63 14.63 14.63 14.64 14.64 14.66 14.66 14.67 14.67 14.68 14.68 14.70 14.70 14.70 14.70 14.71 14.71 14.71 14.71 14.72 14.72 14.72 14.72 14.75 14.75 14.76 14.76 14.78 14.78 14.79 14.79 14.79 14.79 14.80 14.80 14.84 14.84 14.84 14.84 14.84 14.84 14.86 14.86 14.86 14.86 14.86 14.86 14.86 14.86 14.88 14.88 14.90 14.90 14.91 14.91 14.91 14.91 14.92 14.92 14.93 14.93 14.93 14.93 14.98 14.98 14.99 14.99 15.01 15.01 15.02 15.02 15.02 15.02 15.02 15.02 15.02 15.02 15.02 15.02 15.03 15.03 15.04 15.04 15.09 15.09 15.09 15.09 15.09 15.09 15.09 15.09 15.10 15.10 15.10 15.10 15.12 15.12 15.13 15.13 15.14 15.14 15.14 15.14 15.16 15.16 15.19 15.19 15.20 15.20 15.20 15.20 15.20 15.20 15.21 15.21 15.21 15.21 15.22 15.22 15.23 15.23 15.25 15.25 15.25 15.25 15.25 15.25 15.27 15.27 15.27 15.27 15.27 15.27 15.29 15.29 15.31 15.31 15.31 15.31 15.31 15.31 15.33 15.33 15.33 15.33 15.34 15.34 15.37 15.37 15.37 15.37 15.37 15.37 15.41 15.41 15.43 15.43 15.46 15.46 15.46 15.46 15.48 15.48 15.49 15.49 15.52 15.52 15.52 15.52 15.52 15.52 15.52 15.52 15.52 15.52 15.56 15.56 15.56 15.56 15.59 15.59 15.59 15.59 15.59 15.59 15.63 15.63 15.65 15.65 15.66 15.66 15.68 15.68 15.69 15.69 15.72 15.72 15.77 15.77 15.78 15.78 15.81 15.81 15.84 15.84 15.84 15.84 15.86 15.86 15.86 15.86 15.87 15.87 15.87 15.87 15.87 15.87 15.89 15.89 15.96 15.96 15.97 15.97 15.97 15.97 15.98 15.98 16.03 16.03 16.05 16.05 16.10 16.10 16.11 16.11 16.12 16.12 16.19 16.19 16.20 16.20 16.20 16.20 16.20 16.20 16.22 16.22 16.25 16.25 16.28 16.28 16.28 16.28 16.30 16.30 16.32 16.32 16.37 16.37 16.39 16.39 16.40 16.40 16.41 16.41 16.42 16.42 16.43 16.43 16.44 16.44 16.44 16.44 16.51 16.51 16.55 16.55 16.58 16.58 16.58 16.58 16.59 16.59 16.61 16.61 16.66 16.66 16.67 16.67 16.68 16.68 16.72 16.72 16.79 16.79 16.80 16.80 16.81 16.81 16.83 16.83 16.85 16.85 16.85 16.85 16.87 16.87 16.88 16.88 16.93 16.93 16.98 16.98 16.98 16.98 17.01 17.01 17.03 17.03 17.08 17.08 17.11 17.11 17.14 17.14 17.15 17.15 17.16 17.16 17.22 17.22 17.23 17.23 17.30 17.30 17.32 17.32 17.34 17.34 17.39 17.39 17.41 17.41 17.41 17.41 17.42 17.42 17.43 17.43 17.48 17.48 17.59 17.59 17.60 17.60 17.62 17.62 17.64 17.64 17.65 17.65 17.75 17.75 17.79 17.79 18.05 18.05 18.06 18.06 18.07 18.07 18.09 18.09 18.18 18.18 18.23 18.23 18.25 18.25 18.30 18.30 18.36 18.36 18.51 18.51 18.57 18.57 18.64 18.64 18.68 18.68 18.71 18.71 18.77 18.77 18.91 18.91 19.02 19.02 19.02 19.02 19.10 19.10 19.18 19.18 19.43 19.43 20.00 20.00 20.12 20.12 20.61 20.61 20.61 20.61 21.45 21.45 21.47 21.47 21.66 21.66

May 06 2018