Лаборатория изучения механизмов органических реакций

addXX

Usage: addXX [-Z] 'i,j,k... l,m... ...' file.xyz ...

Dependencies: perl

Добавляет фиктивные атомы (XX) в геометрический центр каждого из наборов
атомов, перечисленных в первом параметре. i,j,k,l,m - номера атомов.
Если после набора атомов в круглых скобках даны расстояния (все без пробелов),
то XX добавляются на этих расстояниях над центром кольца.
Если дана опция -Z и хотя бы тройка атомов, выполняется переориентация 
молекулы: центр координат помещается в центр перечисленных атомов, 
ось Z направлена перпендикулярно плоскости, задаваемой этими атомами,
a ось X - в сторону первого из атомов тройки.
Нужно все это, в частности, для определения точек, в которых считать NICS.
file.xyz - файл в молденовском xyz-формате. 
Примеры:
addXX 1-6 file.xyz - добавить XX в центр атомов с 1 по 6-й 
  (например, в центр бензольного кольца)
cat file.xyz | addXX '1,2 3-5' - добавить два XX, между 1-м и 2-м и
  между 3-5 атомами
addXX '1-6(0,-1,1)' file.xyz - добавить XX в центр кольца, заданного атомами
  1-6, а также на расстоянии 1 ангстрем под и над кольцом.
addXX -Z '1-6()' file.xyz - просто переориентировать молекулу, не добавляя XX