Лаборатория изучения механизмов органических реакций

xyz2levels

Usage: ./xyz2levels *.xyz > file.svg

Из xyz-файлов (2-я строка содержит энергию)
создается картинка для inkscape с уровнями и осью энергии.
Каждый уровень состоит из 3 прямоугольников, 2 маленьких по краям --
для связи уровней (инструмент "Создавать линии соединения в диаграммах").
Подписи уровней -- названия файлов *.xyz (берется последняя геометрия).

-unit  в каких единицах энергия в xyz-файлах. 
       По умолчанию a.u. (хартри). Другие значения -unit=kcal -unit=kJ
-kJ  с этой опцией ось энергии будет в кДж, а не в ккал.
-no_isomers  без этой опции (т.е. по умолчанию) в каждой группе изомеров 
             за 0 будет приниматься энергия самого стабильного в этой группе.
             С опцией -no_isomers будет единая шкала.
-ZPE    К энергиям прибавляются ZPE-поправки
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. подстрока типа ZPE 0.095000 (a.e.)
-G      Аналогично, термические поправки 
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. G(298.25) 33.98 (kcal/mol)
        Д.б. только одна из -G и -ZPE (т.к. в терм. поправки ZPE уже входит)
-Edisp  Дисперсионные поправки Grimme. См. скрипт Edisp.
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. подстрока типа Edisp -9.79 (kcal/mol)
-sort  Обычно на диаграмме структуры группируются по изомерам. С этой опцией
       будет сквозная сортировка по относительной энергии всех изомеров.
-null=regexp  за 0 будет приниматься энергия той структуры, имя файла которой 
              (только имя, без расширения) подходит regexp
-delete_null  не помещать на диаграмму "нулевые" уровни
-width=744  Ширина страницы A4 в пикселах (в 744 помещается 
            12 уровней шириной 40 и 15 уровней шириной 30)
-fig_w=0.8  Рисунок будет примерно на ширину страницы A4
-fig_h=0.6  Рисунок будет занимать ~0.6 страницы A4 по высоте
-level_w=40 Ширина уровня в пикселах
-level_h=2  Толщина уровня в пикселах
-zazor=2    Зазор м/д уровнем и надписью (толщин уровней)

-group  Уровни и их подписи будут сгруппированы. Не применяйте эту опцию, если 
        хотите потом соединять уровни.


Разработка этой программы поддержана РФФИ (грант 13-03-00427a).