Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова СО РАН

Лаборатория изучения механизмов органических реакций

priin
создание input-файлов для «Природы»

pri2mol
обработка output-файлов «Природы»

pri
Последовательное выполнение расчетов «Природой»

steps
Простейшая запускалка квантовой химии

g2i
converts GAMESS and Priroda outputs

inp2xyz
GAMESS and Priroda inputs to xyz

fchk2xyz
gaussian fchk into xyz

xyz2inp
xyz to GAMESS input

cif2xyz
Convert *.cif to xyz

smooth
сглаживание геометрий

align
Align xyz

coord
различие геометрий

tenzor
переориентация молекул

reorient
переориентация молекул

conformers
конформационный анализ

symm
симметризация геометрии

symmetry
определение группы симметрии молекулы

reflect
отражение молекулы

reverse
обратный порядок геометрий

renum
перенумерация атомов

xyz
последняя геометрия

molgeom
геометрические параметры

addXX
добавление фиктивных атомов

average
усреднение хим. сдвигов

xyz2ppm
таблица хим. сдвигов

xyz2jmod
рисует спектр ЯМР ¹³С

priIR
ИК-спектр из расчетов

freq2xyz
движение по колебанию

freq4parts
вклады колебаний части молекулы

xyz2levels
картинка с уровнями энергии для Inkscape

levels2html
представление картинки с уровнями для Web

mskxyz
подписывает хим. сдвиги для MarvinSketch

Инструкция по анимации

mldn-gif
добавление графика

mm
Калькулятор молекулярной массы

formula_xyz
Поиск расчетов по брутто-формуле

raschet
Frontend над mm и formula_xyz

portion
Заселенность по Больцману

mgp2xyz
AIMAll to molden

g2pri_basis
Генератор базисов для Природы

gulp2xyz
USPEX/GULP to xyz converter

hess
Transform hessian matrix

a2j
ASCII to JCAMP

gms-scan
Relaxed scan in GAMESS

qfold
Fold similar lines

Edisp
Dispersion correction

tBu+
SciLab kinetics progtam

pribas
Анализ файлов basis.in и basis4.in Природы

sort_by_smi
Clusterization of conformers by smiles

EEEvsEEE
Statistics by energy

xyz2PES
Automatic generation of PES using graphviz

txyz2xyz
Tinker MMFF94 xyz to XMol xyz

subst
Замещение/аннелирование в xyz

mldn
Надстройка над molden

cfxyz
Compare spatial structures

dih_list
Generate list of dihedrals

mskxyz

Usage: `mskxyz file.xyzppm | msketch -`

Dependencies: `Perl, msketch из пакета Marvin Beans`


Показывает структуру(ы) с хим.сдвигами в MarvinSketch
Строго говаря, msketch для работы скрипта не нужен, 
но скрипт без него не имеет смысла.

Download

Source

mskxyz

Usage: mskxyz file.xyzppm | msketch -

Dependencies: Perl, msketch из пакета Marvin Beans

Usage: `mskxyz file.xyzppm | msketch -`

Dependencies: `Perl, msketch из пакета Marvin Beans`