Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова СО РАН

Лаборатория изучения механизмов органических реакций

xyz

Usage: xyz multi.xyz > last.xyz OR xyz -i file.xyz

Dependencies: perl, [symmetry]


  Печатает последнюю xyz-геометрию, либо заданные опцией -n.
  И другие элементарные операции.
  
-n=i,j,...  точки, которые нужно печатать (от 1 до N)
  -n=-i,-j,... нумерация с конца. .. - интервал
              Например, -n=1,-1 первую и последнюю точки
              Default -n=-1 (последнюя точка)
  -a Все точки (эквивалентно -n=1..-1)
  -r Все точки в обратном порядке (эквивалентно -n=-1..1)
  
  -del=i,j,... не печатать точки с перечисленными номерами (-n не действует)
  
  -full_title  Не удалять никакие записи из 2-й строки
  
  -symm  Во 2-ю строку будет дописана точечная 
         группа симметрии (требуется программа symmetry)
         При -symm=2 вдобавок координаты будут симметризованы
    -final=0.09  see symmetry
    -prim=0.1    see symmetry
  
  -ellips  Во 2-ю строку будyт дописаны длины осей эллипсоида инерции
           При -ellips=2 вдобавок координаты будут ориентированы по этим осям
  
  -cm  Передвинуть центр координат в центр масс
  
  -split  Каждая точка будет записана в отдельный файл NNNN.xyz
          (если -split=name, то nameNNNN.xyz)
  
  -thin=n  прореживать точки. -thin=n - печатается каждая n-ая точка
           -thin без параметра эквивалентно -thin=2 (каждая 2-ая точка)
  
  -join  Объединить все молекулы из stdin или внутри каждого файла в одну 
         молекулу. Включает -a (если незадано -n). 
         cat *.xyzppm | xyz -join -ppm
         
  -av=n  усреднять координаты и энергии каждых n точек
  -av или -av=1  усредняет все точки (результат - одна структура)
         
  -av=n,m  усреднять с перекрытием (m - сдвиг назад). Например, при -av=10,5 
           усредняются 1..10, 6..15, 11-20 и т.д. (не рекомендуется, лучше -avw)
           
  -avw=n,p "оконное" сглаживание - каждая точка представляется как среднее
           n окружающих. p - количество проходов, если отсутствует, то 1
         
         При -thin, -avw и -av берутся все точки, не действуют -n и -r
  
  -XX  Удалить фиктивные атомы
  
  -atoms=i,j,k,...  Оставить в молекуле только перечисленные атомы
  -atomsH=i,j,k,... вместе с присоединенными к ним атомами водорода
  -noatoms=i,j,k,...  Удалить из молекулы перечисленные атомы
  -noatomsH=i,j,k,... вместе с присоединенными к ним атомами водорода
  
  -H  Удалить водороды
  
  -ppm  Не удалять хим. сдвиги
  -ppm_from=file.xyzppm  Внедрить хим. сдвиги из file.xyzppm. 
                         При этом включаются опции -ppm и -full_title
  
  -irc=RMS  превращает xyz оптимизации в IRC-подобную траекторию.
            Удаляет из оптимизации точки, которые выше по энергии, чем 
            предыдущая и в которых геометрия мало меняется (< RMS).
        Полезно потом сгладить: xyz -a -irc=1.0 -avw=5 fff.L1.O.xyz
  
  -i  Файл редактируется по месту (-split не действует).
  

  
Последняя модификация: Tue Jan 19 11:38:19 2021

Download

Source