Лаборатория изучения механизмов органических реакций

xyz

Usage: xyz multi.xyz > last.xyz OR xyz -i file.xyz

Dependencies: perl, [symmetry]

Печатает последнюю xyz-геометрию, либо заданные опцией -n.
И другие элементарные операции.

-n=i,j,...  точки, которые нужно печатать (от 1 до N)
-n=-i,-j,... нумерация с конца. .. - интервал
            Например, -n=1,-1 первую и последнюю точки
            Default -n=-1 (последнюя точка)
-a Все точки (эквивалентно -n=1..-1)
-r Все точки в обратном порядке (эквивалентно -n=-1..1)

-del=i,j,... не печатать точки с перечисленными номерами (-n не действует)

-full_title  Не удалять никакие записи из 2-й строки

-symm  Во 2-ю строку будет дописана точечная 
       группа симметрии (требуется программа symmetry)
       При -symm=2 вдобавок координаты будут симметризованы
  -final=0.09  see symmetry
  -prim=0.1    see symmetry

-ellips  Во 2-ю строку будyт дописаны длины осей эллипсоида инерции
         При -ellips=2 вдобавок координаты будут ориентированы по этим осям

-content=T Во 2-ю строку будyт дописаны мольные доли при температуре T 
      (по умолчанию 298.15 К), вычисленные из энергий по Больцману.
      Эта опция работает только через трубу:
      cat *.xyz | xyz -a -content -split
-unit=hartree|kcal|kJ Единицы энергии. По умолчанию hartree

-cm  Передвинуть центр координат в центр масс

-ax  Переориентирует молекулу, чтобы оси координат в molden'е были как 
     общепринято (x вверх, y влево, z на нас => x вправо, y вверх, z на нас)

-split  Каждая точка будет записана в отдельный файл NNNN.xyz
        (если -split=name, то nameNNNN.xyz)

-thin=n  прореживать точки. -thin=n - печатается каждая n-ая точка
         -thin без параметра эквивалентно -thin=2 (каждая 2-ая точка)

-join=n  Объединить все молекулы из stdin или внутри каждого файла в одну 
       молекулу. Включается -a (если не задано -n). 
       cat *.xyzppm | xyz -join=3 -ppm
       Энергетические параметры Energy HoF Edisp ZPE G суммируются.
       Молекулы ориентируются по осям эллипсоида инерции (при этом включается
       -ellips=2) и сдвигаются вдоль наименьшей оси (z). Сдвиг регулируется 
       параметром -join, представляющим собой число, на которое умножается 
       сумма длин z-осей эллипсоидов соседних молекул.
       
-av=n  усреднять координаты и энергии каждых n точек
-av или -av=1  усредняет все точки (результат - одна структура)
       
-av=n,m  усреднять с перекрытием (m - сдвиг назад). Например, при -av=10,5 
         усредняются 1..10, 6..15, 11-20 и т.д. (не рекомендуется, лучше -avw)
         
-avw=n,p "оконное" сглаживание - каждая точка представляется как среднее
         n окружающих. p - количество проходов, если отсутствует, то 1
       
       При -thin, -avw и -av берутся все точки, не действуют -n и -r

-XX  Удалить фиктивные атомы

-atoms=i,j,k,...  Оставить в молекуле только перечисленные атомы
-atomsH=i,j,k,... вместе с присоединенными к ним атомами водорода
-noatoms=i,j,k,...  Удалить из молекулы перечисленные атомы
-noatomsH=i,j,k,... вместе с присоединенными к ним атомами водорода

-H  Удалить водороды

-ppm  Не удалять хим. сдвиги
-ppm_from=file.xyzppm  Внедрить хим. сдвиги из file.xyzppm. 
                       При этом включаются опции -ppm и -full_title

-G_from=file.H.xyz     Внедрить G и ZPE из file.H.xyz. 
                       При этом включается опция -full_title

-irc=RMS  превращает xyz оптимизации в IRC-подобную траекторию
          (гладкую и без длинного хвоста).
          Удаляет из оптимизации точки, которые выше по энергии, чем 
          предыдущая и в которых геометрия мало меняется (< RMS).
      Полезно потом сгладить: xyz -a -irc=1.0 -avw=5 fff.L1.O.xyz
      
-min  Эквивалентно -irc=0, т.е. похожесть геомерий не учитывается, 
                   и последняя точка будет с минимальной энергией.
      xyz -min fff.xyz (без -a) оставляет только последнюю точку.
      xyz -i -min fff.xyz  редактирует файл по месту.

-i  Файл редактируется по месту (-split не действует).