Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова СО РАН

Лаборатория изучения механизмов органических реакций

xyz

Usage: xyz multi.xyz > last.xyz OR xyz -i file.xyz

Dependencies: perl, [symmetry]


  Печатает последнюю xyz-геометрию, либо заданные опцией -n.
  И другие элементарные операции.
  
-n=i,j,...  точки, которые нужно печатать (от 1 до N)
  -n=-i,-j,... нумерация с конца. .. - интервал
              Например, -n=1,-1 первую и последнюю точки
              Default -n=-1 (последнюя точка)
  -a Все точки (эквивалентно -n=1..-1)
  -r Все точки в обратном порядке (эквивалентно -n=-1..1)
  
  -del=i,j,... не печатать точки с перечисленными номерами (-n не действует)
  
  -p  Не удалять никакие записи из 2-й строки
  
  -symm  Во 2-ю строку будет дописана точечная 
         группа симметрии (требуется программа symmetry)
         При -symm=2 вдобавок координаты будут симметризованы
    -final=0.09  see symmetry
    -prim=0.1    see symmetry
  
  -ellips  Во 2-ю строку будyт дописаны длины осей эллипсоида инерции
           При -ellips=2 вдобавок координаты будут ориентированы по этим осям
  
  -split  Каждая точка будет записана в отдельный файл NNNN.xyz
          (если -split=name, то nameNNNN.xyz)
  
  -thin=n  прореживать точки. -thin=n - печатается каждая n-ая точка
           -thin без параметра эквивалентно -thin=2 (каждая 2-ая точка)
  
  -av=n  усреднять координаты и энергии каждых n точек
  -av или -av=1  усредняет все точки (результат - одна структура)
         
  -av=n,m  усреднять с перекрытием (m - сдвиг назад). Например, при -av=10,5 
           усредняются 1..10, 6..15, 11-20 и т.д. (не рекомендуется, лучше -avw)
           
  -avw=n,p "оконное" сглаживание - каждая точка представляется как среднее
           n окружающих. p - количество проходов, если отсутствует, то 1
         
         При -thin, -avw и -av берутся все точки, не действуют -n и -r
  
  -XX  Удалить фиктивные атомы
  
  -atoms=i,j,k,... Оставить в молекуле только перечисленные атомы
  
  -H  Удалить водороды
  
  -ppm  Не удалять хим. сдвиги
  
  -i  Файл редактируется по месту (-split не действует).
  

  
Последняя модификация: Tue Jul 31 16:52:03 2018

Download

Source