Лаборатория изучения механизмов органических реакций

tenzor

Usage: tenzor filenames|stdin

Dependencies: Perl

Переориентация молекул в соответствии с осями эллипсоида инерции.
Осью x становится наибольшая ось эллипсоида, осью z - наименьшая.
   Если различия между соседними молекулами не очень большие, то
каждая последующая молекула как бы подстраивается под предыдущую.
Это бывает нужно для получения гладкого движения по координате реакции.
С этой задачей вообще то лучше справляется программа smooth, но для нее
(в отличие от tenzor) необходима согласованная нумерация атомов в молекулах,
что не всегда бывает, особенно при стыковке двух ветвей координаты реакции. 
Согласованную нумерацию можно сделать вручную, с помощью программы renum, 
а можно автоматически, с помощью tenzor -sort.
   Warning! На высокосимметричных молекулах tenzor глючит.

Опции:
-sort   перенумерация 2-й и последующих молекул с подстройкой под предыдущую
-sort=2 1-я молекула перенумеровывается по Хиллу, затем как при -sort