Лаборатория изучения механизмов органических реакций

reorient

Usage: ./reorient [-ijk=i,j,k [-b] [-r=l,m,n,...] -cm] file.xyz [> reoriented_file.xyz]

Dependencies: Perl

Переориентирует xyz-файл(ы), зануляя 6 x,y,z-координат у выбранных атомов.
После опции -ijk нужно перечислить через запятую три номера атомов, 
координаты которых следует занулить. Зануляются следующие координаты:
      x     y     z
 i:  0.00  0.00  0.00    Атом i в центре координат
 j:        0.00  0.00    Атом j на оси x
 k:              0.00    Атом k в плоскости xy
Отрицательный номер - с конца.
Если опция -ijk отсутствует, то предполагается -ijk=1,2,3.

Опция -b означает, что тройка i,j,k будет передвинута в начало.
С опцией -r у перечисленных после нее атомов после переориентации 
поменяется на противоположную координата z. (Для обращения заместителя)
С опцией -cm структуры будут передвинуты в их центры масс