Лаборатория изучения механизмов органических реакций

molgeom

Usage: molgeom geometric_parameters [options] [filename] [filenames] [> results]

Dependencies: Perl, модуль Math::Trig, gnuplot для опции -P

Calculate some geometry parameters from cartesian coordinates
given in molden format file(s)

filename - файл с декартовыми координатами в формате molden'а
           (http://www.cmbi.kun.nl/~schaft/molden/molden_format.html)
Опции:
-h     этот help
-R     углы не в градусах, а в радианах
-P     показывает графики геом.параметр-энергия с помощью gnuplot
-G     печатает таблицу геом.параметр-энергия
Геометрические параметры (i,j,... - номера атомов):
-a i-j-k        валентный угол i-j-k
-b i-j-k-l      угол между прямой l-k и нормалью к плоскости k-j-i 
                 (в Природе это bend-1 4,i,j,k,l)
-d i-j-k-l      диэдральный угол i-j-k-l (-180..180)
-f i-j-k-l      угол между прямыми i-j и k-l (0..90)
-g i-j-k-l-m    угол между прямой i-j и плоскостью k-l-m (0..90)
-o i-j-k-l      расстояние между серединами отрезков i-j и k-l
-p i-j-k        проекция O-k на i-j (O - середина i-j)
-q i-j-k        расстояние от точки i до прямой j-k
-r i-j          длина i-j 
-s i-j-k-l      кратчайшее расстояние между прямыми i-j и k-l
-t i-j-k-l      расстояние между точкой i и плоскостью j-k-l
-w i-j-k-l-m-n  угол между плоскостями i-j-k и l-m-n (0..90)

Если нужно несколько однотипных величин:
-r 'i-j j-k'