Лаборатория изучения механизмов органических реакций

xyz2PES

Usage: xyz2PES [options] *.xyz

Dependencies: perl, dot from graphviz

Create PES diagram autumatically
Options:
-name=PES  name for name.dot and name.svg files
-separator='-+'  Separator for TS's name. A-B and A--B are matched
-edges=filename  Если эта опуия присутствует, то взаимосвязи между 
   стационарными точками берутся из filename. A-TS-B
   -edges без аргументы означает -edges=edges
-add_edge='node1,node2'  дополнительные связи (сверх того, что добавляются
   штатно, через имена файлов или через -edges=filename). Например, чтобы 
   связать два ПС. Ноды разделяются запятыми, пары нод - пробелами.
   Просто -add_edge будет искать файл с именем add_edge, в котором прописаны
   дополнительные связи (построчно или через пробел).
-null=name  Zero level 
-delete_null  to exclude null-structure from PES
-kcal  if energy in xyz-files is in kcal/mol
-kJ    if energy in xyz-files is in kJ/mol
-dir=directory  Если *.xyz или *.xyzppm расположены в директории directory
       (относительно соответствующего index.html), то эта опция добавит путь
       к xyz-файлам в name.svg. Default -dir=.
       Если -dir задана (и не '.'), нужно просто переместить сгенерированный
       index.html в ту папку, в которой находится сама задаваемая директория.
-ZPE    К энергиям прибавляются ZPE-поправки
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. подстрока типа 'ZPE 0.095000' (a.e.)
-G      Аналогично, термические поправки 
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. 'G(298.25) 33.98' (kcal/mol)
        Д.б. только одна из -G и -ZPE (т.к. в терм. поправки ZPE уже входит)
-Edisp  Дисперсионные поправки Grimme. См. скрипт Edisp.
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. подстрока типа 'Edisp -9.79' (kcal/mol)
-levels=N  Default is number of structures but > 10
-fontsize=16
-shape=ellipse|box|plain  oval=ellipse, polygon=box
-fill_min=lightgrey  fillcolor for minima
-fill_TS=lightpink   fillcolor for transition states
-study=dot|neato|twopi|fdp|sfdp  For a preliminary assessment of the topology of 
       complex PES, which should be divided into simpler blocks (non-energy). 
       -study without argument equal -study=dot
-all_levels  Default behavior is do not draw empty level if previous and next 
    levels are also empty (for more compact diagram). This option turns off it.

-charges  Additional column of xyz file contains charges (not chemical shifts).

-I  Don't rewrite index.html
    
    Try xyz2PES -help for additional information.

Convention about xyz-files:
1. Each xyz-file must contain energy in the 2-nd line
Energy in the first substring matching float number (e.g. Energy -233.46145057).
Energy units is hartree by default.
2. PES if specified by names of xyz-files (without .xyz extension).
For example, the simplest PES: A.xyz, B.xyz, A-B.xyz
where A-B is TS between A and B, '-' is default separator.
gv-file will contain edges "A" -- "A-B"; "A-B" -- "B";

Energy is recalculated in kcal. For the zero level, either the minimum energy 
or the energy of the stationary point specified by the -null option is taken.
Graphviz can not fix y-position of nodes (stationary points) according 
to energy precisely. Therefore, nodes with similar energies will be located 
on the same level. После генерирования svg-файла последний автоматически 
редактируется, и каждая нода немного сдвигается, чтобы ее положение 
соответствовало точной энергии. Это может приводить к небольшому перекрыванию
нод и пересечению связей между ними, тем менее вероятному, чем больше -levels. 

Обычно получается не точно запрошенное опцией -levels количество уровней, 
так как тики на энергетической оси выбираются такими, чтобы их энергии имели 
последнюю значащую цифру 1, 2 или 5.

В режиме -study можно попробовать различные движки, реализованные в graphviz.
Довольно наглядное изображение графа дает -study=neato. В режиме -study=twopi 
на консоль печатаются отдельные, не связанные друг с другом куски графа.