Лаборатория изучения механизмов органических реакций

smooth

Usage: smooth [options] [filename] [filenames] [> results]

Dependencies: Perl, coord

Сглаживание геометрий; выдается файл, в котором молекулы
переориентированы с помощью coord (нет рывков при просмотре в molden).
Атомы д.б. правильно пронумерованы (renum, tenzor).

Другой способ сглаживания  - за счет переориентации молекулы с фиксацией
плоскости, задаваемой номерами атомов  (addXX -Z 'i,j,k()' filename).

filename - файл с декартовыми координатами в формате molden'а 
(если отсутсвует, то ожидается ввод с STDIN).
Генерится программами <pri2mol> или <g2i -o m>

Опции:
-1  каждая геометрия подгоняется к первой (лучше для циклического  
    процесса, когда первая и последняя точки совпадают). 
    Без этой опции каждая геометрия подгоняется к предыдушей.
-a  Добавление точек. Между каждыми двумя геометриями добавляется 
    еще одна, с промежуточными координатами и энергией.