Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова СО РАН

Лаборатория изучения механизмов органических реакций

pri2mol

Usage: pri2mol file [files]

Dependencies: perl


Этот перл-скрипт (автор А. Генаев, genaev@nioch.nsc.ru) читает выдачи 
квантово-химической программы ПРИРОДА (автор Д.Н. Лайков) и делает файлы, 
понятные molden'у и заготовки для следующего расчета.
Проверенные версии ПРИРОДЫ: p210, p407, p6, p11 (linux), p202 (Windows).

Создаются следующие файлы:
file.xyz    декартовы координаты с зарядами для всех шагов оптимизации
            или для каждой точки irc;
file.mos    собственные вектора (орбитали) в формате molden'а
            (почему-то обрабатываются molden'ом очень медленно);
file.freq   колебания в формате molden'а
            (при task=hessian);
file.MOL    оптимизированная геометрия и гессиан, 
            которые можно вставить в след. расчет (не для molden'а);
file.ppm    хим. сдвиги (sigma и, если посчитан стандарт, то и delta)
            (не для molden'а);
file.xyzppm геометрия для molden'а, с хим. сдвигами (delta) вместо зарядов
            (molden желательно немного переделать, чтобы он понимал 
            трехзначные "заряды" (знаю, как)).


  
Последняя модификация: Sat Jan 24 10:10:14 2015

Download

Source