Лаборатория изучения механизмов органических реакций

renum

Usage: renum vector [filename] [filenames] [> results]

Dependencies: perl, [Chemistry::Mol, Chemistry::Canonicalize, obabel].

Перенумерация xyz-файлов

filename - файл с декартовыми координатами в формате molden'а 
           (если отсутсвует, то ожидается ввод с STDIN).
           Генерится программами  или 
vector - новая последовательность атомов (вначале перечисленные,
         затем остальные по-порядку), например
         6,2-5 - поменять местами 1-й и 6-й атомы (6,2,3,4,5,1,7,...)
         '9,5' - эквивалентно 9,5,1,2,3,4,6,7,8,10,...
         3-1   - эквивалентно 3,2,1
Опции:
-crop : сгенеровать xyz-файл только из атомов, перечисленных в vector
        (в порядке, заданном vector'ом)
-p='7,8 3,4 6,9': пары атомов 7 и 8, 3 и 4, 6 и 9 поменять местами
                  vector с этой опцией не нужен
-auto : автоматическая перенумерация с помощью obabel. Образец для 
        перенумерации берется из 1-й молекулы, т.е. ее нумерация не меняется.
        При -auto=0 все молекулы будут иметь канонические номера 
        (весьма странные). vector с этой опцией не нужен.
-canon : автоматическая перенумерация с помощью Chemistry::Canonicalize.
         При -canon или -canon=1 Образец для перенумерации берется из 
         1-й молекулы, т.е. ее нумерация не меняется.
         При -canon=0 все молекулы будут иметь канонические номера 
         (весьма странные). vector с этой опцией не нужен.
-prN :  допечатывать в output номера атомов, которые были в input'е