Лаборатория изучения механизмов органических реакций

levels2html

Usage: ./levels2html fig.svg

Требуется бинарник inkscape. Для работы апплета jmol нужен www-сервер.

fig.svg получаем xyz2levels *.xyz > fig.svg.

   Опции:

-dpi   Разрешение. Умолчаемое 108 (масштаб в 1.2 раза больше, чем отображается 
       в inkscape).
-dir=directory  Если *.xyz или *.xyzppm расположены в директории directory
       (относительно соответствующего index.html), то эта опция добавит путь
       в file.htm. Default -dir=.
-unit  В каких единицах энергия в *.xyz.
       Default a.u. Возможны -unit=kcal  -unit=kJ
-ZPE    К энергиям прибавляются ZPE-поправки
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. подстрока типа 'ZPE 0.095000' (a.e.)
-G      Аналогично, термические поправки 
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. 'G(298.25) 33.98' (kcal/mol)
        Д.б. только одна из -G и -ZPE (т.к. в терм. поправки ZPE уже входит)
-Edisp  Дисперсионные поправки Grimme. См. скрипт Edisp.
        Во 2-й строке xyz-файлов д.б. подстрока типа 'Edisp -9.79' (kcal/mol)
-null=regexp  за 0 будет приниматься энергия той структуры, имя файла которой 
       (только имя, без расширения) подходит regexp. 
-delete_null  не помещать в htm-файл информацию о "нулевых" уровнях 
        и не создавать соответствующие html-файлы. Это нужно, если эти уровни
        на завершающем этапе удаляются с диаграммы.
-print_levels  Печатает координаты (x и y) уровней в png-файле и их надписи
-index  С этой опцией будет создан полный html-файл, готовый для запуска в 
        браузере. Без нее - только кусок тегои <MAP> в файле fig.htm (для
        вставки в свой темплат). Просто -index эквивалентно -index=index.html
        -index forces -no_highlight.
-bg[=color] do color background in png file (more size of image)
            simple -b is synonym for -b=white
-no_png     Doesn't create png file
-jmol_dir   Directory of jmol (relatively DocumentRoot)
            -jmol_dir='/jmol' by default
-no_highlight не использовать подсветку уровней на диаграмме (для подсветки 
              нужен mapper.js (http://www.netzgesta.de/mapper/))

   Для правильной работы программы *.xyz или *.xyzppm должны находится 
в текущей директории (или в директории, задаваемой опцией -dir=), 
и их имена должны совпадать с подписями уровней. Чтобы программа правильно
определила координаты уровней, уровни не должны входить в состав групп.
   Берем подходящий index.html и меняем в нем соответствующий кусок на
содержимое file.htm и имя png-файла.  
   Программа также создаст на каждый xyz-файл свой html-файл, который 
будет запускаться в браузере по клику на соответствующий уровень
(необходим ява-апплет jmol). 
   Если в xyz-файле есть хим.сдвиги (пятой колонкой), то будет возможность 
их посмотреть (как метки атомов), активировав чек-бокс внизу всплывающего 
окна.
   Если вместе с *.xyz (*.xyzppm) обнаружатся *.mol с теми же именами, 
то из html-файлов будут вызываться *.mol. 
Делать mol-файлы, в которых будут показаны кратные связи, можно командой
babel *.xyz -omol -m

Разработка этой программы поддержана РФФИ (грант 13-03-00427a).