Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова СО РАН Лаборатория изучения механизмов органических реакций |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mldn-gif#!/usr/bin/perl -w die "Usage: $0 [options] IRC.xyz mol*.gif. $0 -h for help.\n" unless @ARGV; $label_color = 'xadd8e6'; $line_color = 'xff0000'; # xffffff white # xffa500 orange # x0000ff blue # x000000 black # x66cdaa medium aquamarine # xdda0dd plum # x404040 gray # xcdb5cd thistle 3 # x9500d3 dark violet # xff0000 red # xadd8e6 light blue # xffff00 желтый $line_style = 'lines lw 2'; # 'linespoints' #$smooth = 'smooth csplines'; # '' $smooth = ''; $no_axes = 'set noborder; set noarrow; set noxtics; set noytics'; #$no_axes = ''; #Раскоментировать, если нужны оси координат use Getopt::Std; getopts("hp:f", \%opts); # Если опция -h, печатаем справку if ($opts{'h'}) { $0 =~ s/^.*[\/\\]//; print " Usage: $0 [options] IRC.xyz mol*.gif Зависимости: Perl, gnuplot, Image Magick С помощью gnuplot и composite (Image Magick) добавляет график координата-энергия на молденовские гифы. Молден можно запускать без логотипа и лучше с геометрией 4х3. По умолчанию создается не больше 99 картинок, это можно исправить опцией -j. molden -l -geom 800x600 -j 300. Молден обычно создает одну лишннюю картинку, ее нужно удалить (обычно 1-я и 2-я идентичны). Каждой точке конкатенированного IRC.xyz должен соответствовать свой gif. В файле IRC.xyz должны присутствовать строки типа 'Energy -54.59304' (ккординаты и все другое, в принципе, не обязательно). Опции: -p <position> где <position> - положение графика относительно картинки t сверху (default) b снизу r справа l слева 1 в 1-й четверти (сверху слева) 2 во 2-й (сверху справа) 3 в 3-й (снизу слева) 4 в 4-й (снизу справа) 5 в верхней четверти 6 в нижней четверти -f сложить график вдвое (fold up) по вертикали Некоторые параметры (цвета, например) заданы в начале скрипта, их легко изменить \n"; exit; } my $IRC_xyz = shift; open L, '<', $IRC_xyz or die "Can't open $IRC_xyz: $!\n"; $minE = 1e20; $x = 0; while (<L>) { if (m/Energy (\S+)/) { $E = $1; $x++; push @x, $x; $minE = $E if $E < $minE; push @E, $E; } } close L; @gif = @ARGV; if ($#x != $#gif) { if ($#x == $#gif - 1) { shift @gif; } else { print "Неодинаковое количество точек на графике и молденовских картинок!\n"; exit; } } $sizeX = 800; $sizeY = 700; ($sizeX,$sizeY) = `file $gif[0]` =~ /(\d+)\s*x\s*(\d+)/; $opts{'p'} = 't' unless $opts{'p'}; $geometry = "+0+0"; if ($opts{'p'} eq 't') { $sizeY /= 2; } elsif ($opts{'p'} eq 'b') { $sizeY /= 2; $geometry = "+0+$sizeY"; } elsif ($opts{'p'} eq 'r') { $sizeX /= 2; } elsif ($opts{'p'} eq 'l') { $sizeX /= 2; $geometry = "+$sizeX+0"; } elsif ($opts{'p'} eq '1') { $sizeX /= 2; $sizeY /= 2; } elsif ($opts{'p'} eq '3') { $sizeX /= 2; $sizeY /= 2; $geometry = "+0+$sizeY"; } elsif ($opts{'p'} eq '2') { $sizeX /= 2; $sizeY /= 2; $geometry = "+$sizeX+0"; } elsif ($opts{'p'} eq '4') { $sizeX /= 2; $sizeY /= 2; $geometry = "+$sizeX+$sizeY"; } elsif ($opts{'p'} eq '5') { $sizeY /= 4; } elsif ($opts{'p'} eq '6') { $sizeY /= 4; my $s = $sizeY*3; $geometry = "+0+$s"; } open GR, ">g_r_a_f_i_k.tmp"; for ($i=0; $i<=$#x; $i++) { $E[$i] = ($E[$i]-$minE)*627.5; print GR "$x[$i] $E[$i]\n"; } close GR; for ($i=0; $i<=$#x; $i++) { printf "%-10f %-14f %-14s --> ", $x[$i], $E[$i], $gif[$i]; open GP, "| gnuplot"; print GP "set terminal gif medium transparent size $sizeX,$sizeY \\ xffffff $label_color x404040 $line_color\n"; print GP "set output 'g_r_a_f_i_k.gif'\n"; print GP "set autoscale; set nokey; $no_axes\n"; #print GP "set size 2,2\n"; print GP "set label 'O' at $x[$i],$E[$i] center\n"; #print GP "set label 'O' at $x[1],$E[1] center font 'Symbol,34'\n"; print GP "plot 'g_r_a_f_i_k.tmp' $smooth with $line_style"; close GP; fold_up('g_r_a_f_i_k.gif') if $opts{'f'}; `composite -geometry $geometry g_r_a_f_i_k.gif $gif[$i] G$gif[$i]`; (-f "G$gif[$i]") ? (print "G$gif[$i]\n") : (print "Fail\n"); } unlink 'g_r_a_f_i_k.tmp' if -f 'g_r_a_f_i_k.tmp'; unlink 'g_r_a_f_i_k.gif' if -f 'g_r_a_f_i_k.gif'; sub fold_up { my $file = shift; system('convert', '-crop', '50x100%+0+0', $file, "R$file"); system('convert', '-flop', '-crop', '50x100%+0+0', $file, "L$file"); system('composite', "R$file", "L$file", $file); system('mogrify', '-scale', '200x100%', $file); unlink "R$file", "L$file"; } |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||