Лаборатория изучения механизмов органических реакций

average

Usage:

average 'averagings' file1.xyz file2.xyz ... > multifile.xyz
cat file1.xyz file2.xyz ... | average 'averagings'  > multifile.xyz
average -i file1.xyz file2.xyz ...
average -B file1.xyz file2.xyz ... > file.xyz

Dependencies: perl, symmetry для опции -auto (опционально)

Усреднение свойств в молденовских файлах (например, хим. сдвигов в *.xyzppm)

averagings - перечисление групп  (через пробел) 
                          атомов (через запятую и/или дефис)
Если перед номером стоит буква A, то это водороды, связанные с этим атомом
Примеры:
'3-5,7-9 1,6,10' - усреднить хим. сдвиги атомов 3,4,5,7,8,9 и (отдельно) 1,6,10
A15-A17 - усреднить хим. сдвиги протонов, связанных с атомами 15,16,17

Если вместо 'averagings' будет -auto, то автоматически будут усреднены
хим. сдвиги протонов метилов и эквивалентных атомов (для последнего действия
требуется программа symmetry).

С опцией -i, если программе даны файлы в качестве аргументов, они будут 
отредактированы по месту.

С опцией -B будет усреднение хим. сдвигов по Больцману. Во 2-й строке xyz-файлов
  д.б. энергия. Нумерация атомов во всех xyz-файлах д.б. согласованной. 
  Напечатается геометрия самого стабильного конформера с хим. сдвигами, 
  представляющими собой взвешенное среднее по всем. Веса - мольные доли,
  вычисляются из энергий.
Опции, относящиеся к -B:
-T=298    Температура
       По умолчанию энергии в a.u. (hartree)
-kkal  Энергии в ккал/моль
-kJ    Энергии в кДж/моль