Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова СО РАН

Лаборатория изучения механизмов органических реакций

join_IRC

Usage: join_IRC IRC1.xyz IRC2.xyz ... | mldn

Dependencies: perl, скрипты cfxyz, xyz, reflect, renum, align

Стыкует IRC-траектории. Каждую следующую траекторию перенумеровывает по 
последней точке предыдущей и при необходимости обращает ее конфигурацию.
Нужно самому позаботиться, чтобы структуры на стыке траекторий совпадали.
-RMS=0.2  если при стыковке RMS будет больше, то die
-ref  структура или 1-я точка траектории, к которой подстраивать
      Если не задано, то подстраивается к первой траектории из аргументов 

  
Последняя модификация: Thu Jan 9 15:40:00 2025

Download

Source