Лаборатория изучения механизмов органических реакций

priin

Usage: priin [-gjc|-mop|-xyz|-mrv] file [files]

Simple converter into Priroda input files (Perl)
From: Gaussian Input (*.GJ[CF]), created by Chem3D (-gjc option)
      Mopac *.MOP or *.dat or *.arc (-mop option)
      Molden *.xyz or *.xyzppm (-xyz option)
      MarvinSketch *.mrv (-mrv option)
To:   Input (*.in) for PRIRODA
    Если задана опция, то для всех файлов будет предполагаться
    заданный опцией формат. В противном случае формат будет 
    определяться  из расширения (case-insensitive).

-qm  theory=qm_n3  basis=qm.in

-md  task=thermostat + $dynamic group
     Опции -md_e -md_d -md_v -md_h -md_n -md_m -md_i управляют соотв. параметрами
     Формат -md_i=1-9 делает несколько инпутов с разными i
-vol Использовать сферическую полость. 
     -md_v рассчитывается по плотности "жидкости" (типа -vol=0.89)

Если в мопаковских файлах некоторые геометрические параметры заморожены 
(0 а не 1 после значения параметра), то в in-файле будут соответствующие
fix=...

Если в исходном xyz-файле присутствуют фиктивные атомы XX (см. addXX),
то будет task=nmr и группа $nmr для расчета экранирования в положениях
фиктивных атомов.